Claus y Lavie son dos mensajeros de vanship que viven en Norkia, Anatoray. Un día, participando en una importante carrera local, se cruzan con otro piloto y su aeronave que son perseguidos por una nave de Guild. El vanship cae y ellos acuden en su ayuda, momento en que el maltrecho piloto de la nave les pide que cumplan su misión porque él está malherido y morirá pronto.
Una organización llamada Chronos gobierna en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas, oponen a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Gato Negro (Black Cat), uno de los asesinos más poderosos de la organización, conoce a una extraña mujer llamada Saya Minatsuki, que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón.
La historia se traslada a dos pequeñas aldeas shinobi en la era Keichou, exactamente en 1614 d. C., y narra la rivalidad de dos clanes enfrentados durante más de 400 años (según el manga, cap. 1, se dice que durante mil años) por el odio entre las familias.
urante un campamento de verano, 15 niños (8 niños y 7 niñas) encontraron una gruta a la orilla del mar y descubrieron en las profundidades algunos equipos de trabajo y ordenadores, al poco tiempo aparece el propietario: un hombre que se presenta como "Kokopelli" quien dice ser un programador trabajando en un nuevo juego donde un gran robot debe defender la Tierra contra las invasiones de extraterrestres.
En un futuro lejano, en un planeta que una vez fue llamado Tierra, los campesinos del pueblo de Kanna sufren continuamente ataques de los Nobuseri, samuráis arruinados por la ausencia de guerras en las que luchar, por lo que para sobrevivir se dedican a robar la comida y las mujeres de los pequeños e indefensos pueblos.
La historia del anime se encuentra basada en la historia de Arcueid del juego, donde sigue la vida de Shiki Tohno, un prodigioso estudiante de secundaria de 17 años, dotado de una misteriosa habilidad para ver las "Líneas de la Muerte", las cuales, cuando son cortadas, destruyen el objeto o el ser en el que estaban.
Ken'ichi Shirahama es un muchacho débil y tímido que se une al club de karate de su escuela en busca de hacerse más fuerte. Sin embargo, los demás miembros solo se dedican a maltratarle por diversión y sin molestarse en entrenarlo
El personaje principal, Endo Mamoru/Satoru Endo/Mark Evans, él es el capitán y portero del club de fútbol del Instituto Raimon. A pesar de su talento, su instituto carece de un auténtico equipo de fútbol y los mismos alumnos de su escuela no parecen muy interesados en el equipo.
Eyeshield 21 cuenta la historia de un chico llamado Sena Kobayakawa, un joven que no destaca mucho, y que muchas veces es maltratado por sus compañeros, lo que le ha dado una gran habilidad en sus piernas, ya que para escapar del abuso puede correr a gran velocidad. Después de presentar su examen de admisión, Sena entra a la preparatoria Deimon, junto con su amiga de la infancia y protectora Mamori Anezaki.
En la historia, el Death Note es un cuaderno con una portada de color negro con su nombre inscrito en ella. Este cuaderno tiene el poder de matar a cualquier persona con tan solo escribir su nombre y apellido en él, siempre que el portador visualice mentalmente la cara de quien quiere asesinar.
